更新日志:

写于2021.1.26

2.1.1

limma如果表达矩阵有重复行名,则第一列为ID,随之改了get_deg和draw_volcano

ggplot2更新,手动指定颜色必须加values=,已加

ifelse更新,允许矩阵数据,生成结果也为矩阵,为此改了表达矩阵箱线图、KM图系列

表达矩阵与分组信息的匹配

2.1.2

mRNA与lncRNA都有时矩阵去重

2.1.5

GEO下载的表达矩阵有异常值时不再报错,而是只给个warning啦

2.1.6

解决mac tab键编码方式报错问题

2.1.7

draw_heatmap 添加参数scale,F即为原矩阵画图,不scale.

2.1.8

draw_heatmap 添加参数main,标题

2.1.9

surv_cox 输出结果小数点位数不限制(因为有些p值太小,会变成零)

2.2.0

检查了exp_boxplot之前的所有函数及其帮助文档,quickenrich和make_tcga_group不再报warning

2.2.1

检查了exp_boxplot之后的所有函数及其帮助文档,调整了脚本里的函数顺序,加上编号以后方便查找。

去掉了加载R包时的提示信息,整理了所有的seealso

我要整理整理投放到cran咯,用CMD check检查发现:

帮助文档里的示例逻辑值必须写TRUE,FALSE ,不能写T和F

示例需要保证运行正确,示例代码里library的包也需要写进依赖包。

写函数的代码里的require用requireNamespace()代替。

data用use_data生成,不自己保存,避免错误的编码方式

2.2.2

geo_download支持指定下载读取的目录,支持去除重复的ch1列

添加draw_tsne、draw_KM。ggsurvplot传参问题在:https://github.com/kassambara/survminer/issues/342

删掉了split_list函数,cran不让使用全局变量

match_exp_cl以列表形式输出,也取消了全局变量。需要赋值然后取子集。

修改了默认配色。

帮助文档的文件输出路径改为临时路径。消除全部note啦!!!

2.2.3

合并了get_deg和multi_deg,用同样的代码完成二组和多组的差异分析。

cg的组织方式简化一些

2.2.4和2.2.5

帮助文档所有destdir设置为临时路径,大于5s的示例加上donttest

2.2.6

cran 人工返回修改意见:

1.标题 缩写

2.包的功能详细说明

3.使用的方法参考资料,doi或者链接,可以有标题

4.TF换成TRUE FALSE

5.message代替print

6.示例里面删掉rm(list= ls())

2.2.8

1.exp_surv添加了cut.point参数,默认值false,即以中位数为截断值画图。修改了配色。

2.解决了sur_cox的NA报错问题

3.解决了quick_enrich画图横坐标消失的问题。

4.新增函数risk_plot,画风险因子三图联动

5.修改了suggest的包安装提示

6.内置数据exprSet_hub1改为了logcpm,不再是原来的count

2.2.9

1.删除heat_id 和gene_number两个参数,用my_genes代替

2.随ggplot2更新了 linewidth参数和 after_stat(p.format)

3.作图函数,加上…过渡参数

4.cor.one 和cor.full添加过滤0值参数

5.更新trans_exp函数

2.3.1

1.差异分析、富集分析、id转换的函数支持人,小鼠,大鼠三个物种

2.修复get_deg_all不显示差异基因、logFC阈值设置无效的bug

3.trans_exp_new改到支持数据框

2.3.2

增加3个函数

1.trans_entrezexp

2.get_count_txt

3.get_gpl_txt